В чехле, на третьих полках. Если вместе с остальным багажом не зашкаливает за 30кг, доплаты никакой не надо. Снимаются колёса и педали (чтоб не мешались при запихивании и по голове никого не били), 2 вела в чехлах закидываются наверх друг на друга, потом туда-же запихиваются колёса. Если плацкарта не "повышеной комфортности", то на 3-их полках легко едет 4 байка. Если повышеной - то третий залазит уже с матом, а четвёртый не залазит вовсе (диафрагма между полками мешает). Но 2 - в любом случае без проблем.

Добавлено:
Чехлы - не обязательно фирменные, т.к. их цель - только чтоб с байка на головы ничего не сыпалось. Защитная функция, в отличие от перевозки самолётом, тут не обязательна. У меня, например, чехол тупо сшит из полутораметрового отреза какой-то тонкой синтетической тряпки (отрез был сложен вдвое и прошит с двух сторон). Т.е. в этот "конверт" запихивается байк без колёс и потом резиновыми жгутами снаружи всё стягивается, чтоб никуда не слетало. В принципе, колёса туда внутрь, тоже спокойно влазят, но когда байков много, удобнее их отдельно закидывать - больше свобода манёвра при запихивании.

В поезда я, не заморачиваясь, велик без упаковки затаскивал. Колеса и подседельник снимал. Проводницы иногда ворчали, но ничего. Правда один раз трабл случился: от Е-бурга плацкартных не было, пришлось СВ брать, а то в обычном купе у меня было бы мало шансов полностью оккупировать единственную полку.

В авиаперелетах велик складываю и оборачиваю большими пакетами и сдаю в негабаритный багаж. 2х2 раза уже летал, правда один раз в Бангкоке пришлось заплатить 90$ за 5 кг перевеса.